Proteomica e immunoproteomica
La Piattaforma di proteomica e immunoproteomica, gestita da Porto Conte Ricerche, rappresenta attualmente uno dei laboratori più completi ed aggiornati in Italia.
I servizi offerti dalla Piattaforma riguardano sia la proteomica sistematica, ovvero l'identificazione delle proteine maggiormente espresse in un tessuto, cellula o comparto cellulare e la costruzione di database, che la proteomica differenziale, ovvero la quantificazione delle proteine differenzialmente espresse e l'identificazione delle molecole coinvolte nei processi fisiologici e fisiopatologici.
Le possibili applicazioni rientrano prevalenentemente nel settore dei prodotti diagnostici innovativi:
- ricerca, identificazione e caratterizzazione di marcatori proteici
- validazione dei marker identificati
- caratterizzazione e purificazione antigeni per immunizzazione
- epitope mapping
- design, sintesi e purificazione di peptidi
- produzione di proteine
- screening di anticorpi monoclonali mediante spettrometria di massa
- identificazione modificazioni post-traduzionali
- caratterizzazione quali-quantitativa di complessi enzimatici
- caratterizzazione switch redox, etc.
Referente
Tonina Roggio
roggio@portocontericerche.it;
Ufficio Ricerca e Sviluppo
Porto Conte Ricerche
S.P. 55 Porto Conte-Capo Caccia, Km 8.400
Loc. Tramariglio
C.P. Santa Maria La Palma
07041 Alghero (SS)- Italia
Tel. +39 079 998.400
Fax +39 079 998.567
Dotazione tecnologica
Sistemi per IEf e 2D PAge
Consente la separazione e la purificazione di miscele complesse di proteine estratte da cellule, tessuti o altri campioni biologici.
Sfruttando due proprietà indipendenti la tecnica 2D separa le proteine in due step differenti. La prima dimensione, focalizzazione isoelettrica (IEF), sfrutta i differenti punti isoelettrici (pI) delle proteine da separare. La seconda dimensione, elettroforesi su gel di poliacrilammide (SDS-PAGE), le discrimina in base al peso molecolare.
Le proteine vengono quindi evidenziate, mediante apposita colorazione, sul gel bidimensionale determinando il pI ed il PM apparente. L'excisione degli spot individuati sulle mappe elettroforetiche e la successiva digestione enzimatica in situ conduce, attraverso l'analisi tramite degradazione di Edman, LC-MS, MALDI-MS all'identificazione univoca della proteina.
Sistema di foto documentazione
Sistema di fotodocumentazione con camera oscura e telecamera ad alta risoluzione con sensore CCD raffreddato ad effetto Peltier. Consente inoltre l'acquisizione e la successiva software-analysis di immagini acquisite con tecniche di fluorescenza e chemiluminescenza.
NanoHPLC-nanoESI-Q-Tof
Lo spettrometro di massa tandem, composto da un Quadrupolo e da un Time Of Flight ad accelerazione ortogonale (Q/oaTOF), costituisce uno dei più potenti e versatili mezzi per analisi strutturali.
La sua innovativa geometria consente un incremento di risoluzione e sensibilità, a beneficio di una maggiore accuratezza nella determinazione di masse minori.
La varietà di sorgenti utilizzabili (ESI, APCI, Nano Spray) e l'interfacciamento con un HPLC capillare permettono un’ampia gamma di applicazioni nel campo della proteomica, della peptidomica, della metabolomica e dell’analisi strutturale.
MALDI TOF
Lo strumento, costituito da uno analizzatore TOF (Time Of Flight) e da una sorgente MALDI (Matrix Assisted Laser Desorption Ionization), fornisce accurate informazioni sulla struttura e sul peso molecolare di biomolecole come peptidi, proteine, oligonucleotidi e carboidrati nonché polimeri sintetici. Consente inoltre, mediante la tecnica del PMF (Peptide MassFingerprinting), una incredibilmente rapida (4 min.) identificazione delle proteine separate mediante elettroforesi bidimensionale.
L'eluato proveniente dalle digestione in situ della proteina, miscelato con la matrice (acido organico), viene depositato (1uL) sopra un target di acciaio e lasciato cristallizzare prima di essere introdotto nel sistema di vuoto. Un impulso laser estrae dal target gli ioni molecolari che, accelerati da un campo elettrico, attraversano il tubo di volo consentendo, previa appropriata calibrazione, la determinazione del peso molecolare.
Sintetizzatore automatico di pepitdi
Strumento completamente automatizzato per la sintesi di peptidi su piccola e media scala, corredato di moduli MPS per la sintesi multipla in parallelo.
Sequenziatore EDMAN
Sistema completamente automatizzato e computerizzato, con 2 camere di reazione, per la determinazione della sequenza aminoacidica N-terminale mediante degradazione di Edman, su campioni depositati su filtro di vetro o blottati o legati covalentemente ad un supporto solido.
Lettore ottico di micro piastre
Lettore di micropiastre in spettofotometria UV-Vis, fluorescenza e chemiluminescenza.
Sistemi cromatografici semi e micropreparativi
Sistemi cromatografici completamente automatici adatti per la separazione e la purificazione in semi e micro scala di proteine, peptidi, sonde molecolari e oligonucleotidi. L'AKTA Explorer 10 è completo di autocampionatore, raccoglitore di frazioni automatico, valvola di selezionamento analitico delle colonne, sistema di monitoraggio di pH e della conduttività dell'eluente. Il sistema SMART per cromatografia microanalitica e micropreparativa, con rivelatore UV a lunghezza d'onda multipla, completo di raccoglitore di microfrazioni, risulta lo strumento ideale per effettuare una separazione altamente efficiente di microquantità di proteine e peptidi, la preparazione dei campioni per l'analisi LC-ESI-MS, MALDI, la preconcentrazione di biomolecole presenti in ridotte quantità in matrici biologiche.
I servizi offerti dalla Piattaforma riguardano sia la proteomica sistematica, ovvero l'identificazione delle proteine maggiormente espresse in un tessuto, cellula o comparto cellulare e la costruzione di database, che la proteomica differenziale, ovvero la quantificazione delle proteine differenzialmente espresse e l'identificazione delle molecole coinvolte nei processi fisiologici e fisiopatologici.
Le possibili applicazioni rientrano prevalenentemente nel settore dei prodotti diagnostici innovativi:
- ricerca, identificazione e caratterizzazione di marcatori proteici
- validazione dei marker identificati
- caratterizzazione e purificazione antigeni per immunizzazione
- epitope mapping
- design, sintesi e purificazione di peptidi
- produzione di proteine
- screening di anticorpi monoclonali mediante spettrometria di massa
- identificazione modificazioni post-traduzionali
- caratterizzazione quali-quantitativa di complessi enzimatici
- caratterizzazione switch redox, etc.
Referente
Tonina Roggio
roggio@portocontericerche.it;Ufficio Ricerca e Sviluppo
Porto Conte Ricerche
S.P. 55 Porto Conte-Capo Caccia, Km 8.400
Loc. Tramariglio
C.P. Santa Maria La Palma
07041 Alghero (SS)- Italia
Tel. +39 079 998.400
Fax +39 079 998.567
Dotazione tecnologica
Sistemi per IEf e 2D PAge
Consente la separazione e la purificazione di miscele complesse di proteine estratte da cellule, tessuti o altri campioni biologici.
Sfruttando due proprietà indipendenti la tecnica 2D separa le proteine in due step differenti. La prima dimensione, focalizzazione isoelettrica (IEF), sfrutta i differenti punti isoelettrici (pI) delle proteine da separare. La seconda dimensione, elettroforesi su gel di poliacrilammide (SDS-PAGE), le discrimina in base al peso molecolare.
Le proteine vengono quindi evidenziate, mediante apposita colorazione, sul gel bidimensionale determinando il pI ed il PM apparente. L'excisione degli spot individuati sulle mappe elettroforetiche e la successiva digestione enzimatica in situ conduce, attraverso l'analisi tramite degradazione di Edman, LC-MS, MALDI-MS all'identificazione univoca della proteina.
Sistema di foto documentazione
Sistema di fotodocumentazione con camera oscura e telecamera ad alta risoluzione con sensore CCD raffreddato ad effetto Peltier. Consente inoltre l'acquisizione e la successiva software-analysis di immagini acquisite con tecniche di fluorescenza e chemiluminescenza.
NanoHPLC-nanoESI-Q-Tof
Lo spettrometro di massa tandem, composto da un Quadrupolo e da un Time Of Flight ad accelerazione ortogonale (Q/oaTOF), costituisce uno dei più potenti e versatili mezzi per analisi strutturali.
La sua innovativa geometria consente un incremento di risoluzione e sensibilità, a beneficio di una maggiore accuratezza nella determinazione di masse minori.
La varietà di sorgenti utilizzabili (ESI, APCI, Nano Spray) e l'interfacciamento con un HPLC capillare permettono un’ampia gamma di applicazioni nel campo della proteomica, della peptidomica, della metabolomica e dell’analisi strutturale.
MALDI TOF
Lo strumento, costituito da uno analizzatore TOF (Time Of Flight) e da una sorgente MALDI (Matrix Assisted Laser Desorption Ionization), fornisce accurate informazioni sulla struttura e sul peso molecolare di biomolecole come peptidi, proteine, oligonucleotidi e carboidrati nonché polimeri sintetici. Consente inoltre, mediante la tecnica del PMF (Peptide MassFingerprinting), una incredibilmente rapida (4 min.) identificazione delle proteine separate mediante elettroforesi bidimensionale.
L'eluato proveniente dalle digestione in situ della proteina, miscelato con la matrice (acido organico), viene depositato (1uL) sopra un target di acciaio e lasciato cristallizzare prima di essere introdotto nel sistema di vuoto. Un impulso laser estrae dal target gli ioni molecolari che, accelerati da un campo elettrico, attraversano il tubo di volo consentendo, previa appropriata calibrazione, la determinazione del peso molecolare.
Sintetizzatore automatico di pepitdi
Strumento completamente automatizzato per la sintesi di peptidi su piccola e media scala, corredato di moduli MPS per la sintesi multipla in parallelo.
Sequenziatore EDMAN
Sistema completamente automatizzato e computerizzato, con 2 camere di reazione, per la determinazione della sequenza aminoacidica N-terminale mediante degradazione di Edman, su campioni depositati su filtro di vetro o blottati o legati covalentemente ad un supporto solido.
Lettore ottico di micro piastre
Lettore di micropiastre in spettofotometria UV-Vis, fluorescenza e chemiluminescenza.
Sistemi cromatografici semi e micropreparativi
Sistemi cromatografici completamente automatici adatti per la separazione e la purificazione in semi e micro scala di proteine, peptidi, sonde molecolari e oligonucleotidi. L'AKTA Explorer 10 è completo di autocampionatore, raccoglitore di frazioni automatico, valvola di selezionamento analitico delle colonne, sistema di monitoraggio di pH e della conduttività dell'eluente. Il sistema SMART per cromatografia microanalitica e micropreparativa, con rivelatore UV a lunghezza d'onda multipla, completo di raccoglitore di microfrazioni, risulta lo strumento ideale per effettuare una separazione altamente efficiente di microquantità di proteine e peptidi, la preparazione dei campioni per l'analisi LC-ESI-MS, MALDI, la preconcentrazione di biomolecole presenti in ridotte quantità in matrici biologiche.
