Ricerca su reti di geni, il CRS4 al primo posto in una competizione internazionale
25.01.2011
Intervista ad Alberto de la Fuente, Senior Researcher al CRS4 di Pula, per il gruppo Bioinformatica diretto da Giorgio Fotia, leader di uno dei team meglio classificati al DREAM5, un'iniziativa per testare l'affidabilità degli algoritmi nella ricerca scientifica sulle reti di geni. Il centro di ricerca sardo aveva ottenuto ottimi risultati già nel 2009.
Ciao Alberto, puoi parlarmi un pò del tuo lavoro al CRS4 Bioinformatica?
"Sono un biologo che usa strumenti matematici, statistici e computazionali per studiare le reti biologiche. Sviluppo algoritmi per inferire reti di geni partendo dai dati di espressione genica. In parole povere capire il modo in cui i geni comunicano e danno origine a fenotipi complessi, che poi è ciò che determina come io e te appariamo".
Un'applicazione pratica degli algoritmi che sviluppi
"Una è aiutare a individuare reti di geni mal funzionanti in tessuti affetti da malattia, attraverso il progetto 'Disease differential networking'. La nostra idea è quella di individuare differenze rilevanti e affidabili comparando tessuti sani e tessuti affetti da malattia, utilizzando algoritmi estremamente affidabili".
Interessante, e come entra il DREAM in tutto questo?
"DREAM è un'iniziativa su scala internazionale che valuta l'efficienza degli algoritmi. Ogni anno organizzano una serie di prove, divise in sezioni, alle quali partecipano gruppi di ricerca da tutto il mondo con i rispettivi algoritmi. I team ricevono dei pacchetti di dati sperimentali e devono prevedere risultati. Ovviamente l'organizzazione conosce già i risultati e valuta quanto le previsioni dei team di ricerca si avvicinano a i dati in loro possesso".
Questo non è il vostro primo successo al DREAM, vero?
"Vero, già nel 2007 partecipò un gruppo del CRS4 Bioinformatica che vinse varie prove. Nel 2009 ci siamo classificati primi nelle prove di 'Inferenza di reti' e in quest'ultima edizione abbiamo pure ricevuto una menzione onoraria insieme ai ricercatori Andrea Pinna, Nicola Soranzo e Vincenzo De Leo. Ci siamo tolti la soddisfazione di precedere gruppi di ricerca provenienti da Università prestigiose come l'Università di Chicago e la Vanderbilt".
Che ripercussioni ha questo successo sul vostro lavoro?
"Questi risultati dimostrano quanto siano all'avanguardia i nostri strumenti e la nostra possibilità di aiutare nello studio delle malattie complesse. E poi i nostri algoritmi vengono pubblicati e usati da ricercatori di tutto il mondo".
Come ti trovi al CRS4, come ci sei arrivato?
"Ci lavoro da 4 anni ormai e mi trovo molto bene. Nonostante le mie origini spagnole e olandesi mi sento piuttosto sardo! Prima lavoravo in Virginia negli Stati uniti ma desideravo trasferirmi in un posto dove poter stare a contatto col mare. L'Italia è stata una scelta quasi obbligata anche per via delle specialità culinarie".
Progetti per il futuro?
"Ultimamente mi sono occupato molto di aspetti tecnici di statistica e computazionali, quindi mi piacerebbe applicare il risultato di questi lavori a tematiche più strettamente biologiche, ad esempio il networking differenziale nelle malattie di cui ti parlavo prima".
Intervista a cura di Massimo Mancini
Outreach team, CRS4
Link utili
DREAM5 2010
CRS4
CRS4 Bioinformatica
Alberto de La Fuente
Ciao Alberto, puoi parlarmi un pò del tuo lavoro al CRS4 Bioinformatica?
"Sono un biologo che usa strumenti matematici, statistici e computazionali per studiare le reti biologiche. Sviluppo algoritmi per inferire reti di geni partendo dai dati di espressione genica. In parole povere capire il modo in cui i geni comunicano e danno origine a fenotipi complessi, che poi è ciò che determina come io e te appariamo".
Un'applicazione pratica degli algoritmi che sviluppi
"Una è aiutare a individuare reti di geni mal funzionanti in tessuti affetti da malattia, attraverso il progetto 'Disease differential networking'. La nostra idea è quella di individuare differenze rilevanti e affidabili comparando tessuti sani e tessuti affetti da malattia, utilizzando algoritmi estremamente affidabili".
Interessante, e come entra il DREAM in tutto questo?
"DREAM è un'iniziativa su scala internazionale che valuta l'efficienza degli algoritmi. Ogni anno organizzano una serie di prove, divise in sezioni, alle quali partecipano gruppi di ricerca da tutto il mondo con i rispettivi algoritmi. I team ricevono dei pacchetti di dati sperimentali e devono prevedere risultati. Ovviamente l'organizzazione conosce già i risultati e valuta quanto le previsioni dei team di ricerca si avvicinano a i dati in loro possesso".
Questo non è il vostro primo successo al DREAM, vero?
"Vero, già nel 2007 partecipò un gruppo del CRS4 Bioinformatica che vinse varie prove. Nel 2009 ci siamo classificati primi nelle prove di 'Inferenza di reti' e in quest'ultima edizione abbiamo pure ricevuto una menzione onoraria insieme ai ricercatori Andrea Pinna, Nicola Soranzo e Vincenzo De Leo. Ci siamo tolti la soddisfazione di precedere gruppi di ricerca provenienti da Università prestigiose come l'Università di Chicago e la Vanderbilt".
Che ripercussioni ha questo successo sul vostro lavoro?
"Questi risultati dimostrano quanto siano all'avanguardia i nostri strumenti e la nostra possibilità di aiutare nello studio delle malattie complesse. E poi i nostri algoritmi vengono pubblicati e usati da ricercatori di tutto il mondo".
Come ti trovi al CRS4, come ci sei arrivato?
"Ci lavoro da 4 anni ormai e mi trovo molto bene. Nonostante le mie origini spagnole e olandesi mi sento piuttosto sardo! Prima lavoravo in Virginia negli Stati uniti ma desideravo trasferirmi in un posto dove poter stare a contatto col mare. L'Italia è stata una scelta quasi obbligata anche per via delle specialità culinarie".
Progetti per il futuro?
"Ultimamente mi sono occupato molto di aspetti tecnici di statistica e computazionali, quindi mi piacerebbe applicare il risultato di questi lavori a tematiche più strettamente biologiche, ad esempio il networking differenziale nelle malattie di cui ti parlavo prima".
Intervista a cura di Massimo Mancini
Outreach team, CRS4
Link utili
DREAM5 2010
CRS4
CRS4 Bioinformatica
Alberto de La Fuente